Ensuite, Louis XIV arrive à Marseille. Il a pour objectif de reprendre en main cette cité qui lui résiste depuis trop longtemps et sur laquelle il a peu de contrôle. Il entame à son tour une phase de fortification autour de la Ville. C'est autant pour protéger la rade que pour surveiller les marseillais, qui aiment peu sa politique. Ainsi sont édifiés les Forts Saint Jean et Saint Nicolas, encadrant l’entrée du port.
En 1665, il constitue une puissante « Flotte des Galères » pour soutenir sa politique méditerranéenne.
